Fox Mulder (Duchovny) i Dana Scully (Anderson) wpadają na trop niezwykłej katastrofy z przed 15 tys. lat. Spowodowała ją tajemnicza czarna substancja, która wciąż istnieje i zagraża światu. Raport na ten temat zostaje odrzucony, zwierzchnictwo odsuwa Muldera i Scully od śledztwa, ale bieg wydarzeń potwierdza tezy pary agentów. Czy uda im się uratować świat?